C 1601 года в России началась череда неурожаев, которая в 1603 году привела к смертному голоду. Резко подскочили цена хлеб, богачи, у кого были запасы зерна, пользовались моментом и поднимали цены. За два года от голода умерли больше ста тысяч человек, нередки были случаи людоедства.

Борис Годунов всеми силами боролся с голодом. Он устраивал раздачи хлеба, но бояре отправляли получать бесплатный хлеб своих слуг, переодетых в бедную одежду. А потом продавали этот хлеб втридорога. Цены выросли как минимум в 20 раз.

Борис организовал в Москве большое строительство, чтобы дать нуждающимся работу. В столицу хлынули толпы голодающих, и работы на всех не хватало.

И тут из Польши пришли слухи о чудом спасшемся сыне Ивана Грозного царевиче Дмитрии. Мол, царевича успели подменить, и погиб совсем другой ребенок. А царевича верные люди увезли в Польшу, где и воспитали.

Годунов призвал к ответу Василия Шуйского, который ранее принимал участие в расследовании смерти маленького Дмитрия. Тот поклялся, что видел царевича мертвым, но слухи это не остановило. Напротив, они становились все активнее.

Неурожаи объяснялись тем, что господь карает Русь за грехи «неприродного» царя Бориса. Люди охотно верили слухам о возвращении «прирожденного государя», надеясь на воцарение «доброго царя». Бояре, недовольные Годуновым, поддерживали эти настроения, Шуйский, сам мечтая о престоле, плел интриги.

По приказу царя провели расследование и объявили, что человек, называющий себя Дмитрием, на самом деле беглый монах Григорий Отрепьев. Российское правительство обратилось к польскому королю с требованием выдать самозванца, но получило отказ.

Осенью 1604 года Джедмитрий перешел границу, к его отряду присоединялись дворяне, крестьяне, казаки, даже бояре. Когда войско самозванца подошло к Москве, оно представляло серьезную силу.

И тут внезапно умирает царь Борис. Он уже давно болел, но все равно его смерть вызвала много толков, в том числе, Василия Шуйского обвиняли в отравлении царя.

Смерть царя еще больше усложнила ситуацию. Бояре не стали поддерживать его наследника Федора Борисовича и открыли ворота Москвы Лжедмитрию. Они убили отчаянно сопротивляющегося Федора и его мать, а вот Ксению оставили в живых.

Дождавшись, когда Лжедмитрий войдет в столицу, они подарили ему царевну. Слава о красоте девушки вышла далеко за пределы Руси, и они надеялись заслужить благосклонность нового царя.

Лжедмитрий сделал ее своей наложницей и держал у себя полгода. По словам голландского дипломата, «он был распутником, ибо всякую ночь растлевал новую девицу, не почитал святых инокинь и множество их обесчестил по монастырям, оскверняя таким образом святыни».

Накануне свадьбы с Мариной Мнишек Лжедмитрий отослал Ксению в монастырь на Белоозере. Современников всегда интересовало, был ли ребенок у Ксении Годуновой от Лжедмитрия, но никаких сведений об этом нет. Скорее всего, не было. И наверное, к счастью. Там она было пострижена в монахини под именем Ольги.

После убийства Лжедмитрия на престол таки взошел Василий Шуйский. Он разрешил Ксении перебраться во Владимирский Княгинин монастырь.

Там она пережила и появление Лжедмитрия II, и Лжедмитрия III.

В 1609 году Ксения навещала в Троице-Сергиевском монастыре на могилы родителей и брата, тогда началась осада монастыря поляками, которая продолжалась полтора года.

Ксения писала тетке, жившей в Москве: «Я у Троицы в осаде в своих бедах чуть жива, конечно, больна со всеми старицами, и впредь, государыня, никако не чаем себе живота, с часу на час ожидаем смерти. Да у нас же за грех за наш моровое поветрие, всяких людей измяли скорби великия смертныя, на всякий день хоронят мертвых человек, по двадцати и по тридцати и больши…» Когда же лютующий в обители мор закончился, то «не осталося людей ни трети».

После снятия осады Ксения перебралась в московский Новодевичий монастырь. Но в августе 1611 года казаки Ивана Заруцкого захватили и разграбили монастырь.

Современник писал:

Позже Ксения вместе с другими монахинями вернулась во Владимирский Княгинин монастырь.

В 1622 года Ксения Годунова скончалась. Она завещала похоронить себя рядом с семьей в Троице-Сергиевском монастыре.